In compartiment 2 is een deel van de funderingen van de Bagijnetoren onderzocht. Deze funderingen zijn door de aanleg van een diepwand in tweeën gesneden. Het westelijke deel lag in het tracé van de tunnelbak, terwijl het oostelijke deel zich aan de andere zijde bevond. Beide delen zijn vastgelegd, omdat zij na herplaatsing van de toren niet meer toegankelijk zijn.
Bij het onderzoek is de noordoostelijke muur van de toren aangetroffen. Hieruit blijkt dat de Bagijnetoren op een hellend vlak is gebouwd. De fundering ligt aan de westzijde duidelijk dieper dan aan de oostzijde. Dit komt doordat de voorkant van de toren oorspronkelijk in de stadsgracht uitstak. Een vergelijkbare constructie is eerder vastgesteld bij de Michielstoren in compartiment 6.
Deze bouwwijze wijst erop dat de stadswal al aanwezig was voordat de verdedigingstorens werden gebouwd. De torens zijn pas vanaf 1449 toegestaan. In een volgende fase wordt de binnenzijde van de toren onderzocht, waarbij mogelijk sporen van het gebruik van de toren aan het licht komen.